张传超 博士
助理研究员
主要研究方向:
人工智能与机器学习，生物信息学，计算生物学，机器学习
教育和工作经历:
2021.1-至今 国科大杭州高等研究院, 系统生物学重点实验室 助理研究员
2020.1– 2021.1 上海脑科学与类脑研究中心 助理研究员
2017.8 – 2020.1 华为武汉研究所（架构、算法预研） 高级工程师
2011.9 –2017.7 武汉大学(计算机软件与理论) 硕博，导师：刘娟
2007.9 – 2011.7 河南科技大学（信息与计算科学） 本科
主要参与项目:
1. 上海市市级科技重大专项“国际人类表型组计划”项目，面向复杂疾病的多组学整合建模研究，2017SHZDZX01，2020.7-2021.12，25万，已结题，主持
2. 国家自然科学基金委，数学天元基金项目，支持病理诊断自动化的数学理论、方法与系统，2022.1-2023.12，100万，在研，参与
3. 国家自然科学基金委，重点项目，基于多模态数据的健康临界状态的数学刻画与预警理论，2022.1-2016.12, 252万，在研，参加
4. 深圳华大生命科学研究院，开放基金项目，基于高分辨率多模态的Stereo-seq时空组学空间划分方法开发，2021.12-2023.12, 50万，在研，参加
学术论文:
1） Chengming Zhang#, Yabin Chen#, Tao Zeng*,Chuanchao Zhang*, Luonan Chen*. Deep latent space fusion for adaptive representation of heterogeneous multi-omics data, Briefings in Bioinformatics, 2022, doi:10.1093/bib/bbab600.(SCI, IF=11.6)
2） Qianqian Shi, Xinxing Li, Qirui Peng,Chuanchao Zhang*, Luonan Chen*. scDA: Single cell discriminant analysis for single-cell RNA sequencing data. Comput Struct Biotechnol J. 2021 May 29;19:3234-3244.(SCI, IF=7.27)
3） Qianqian Shi*,Bing Hu, Tao Zeng,Chuanchao Zhang*.Multi-view Subspace Clustering Analysis for Aggregating Multiple Heterogeneous Omics Data. Frontiers in Genetics, 2019, 10: 744.(通讯作者, SCI, IF = 3.5)
4） Qianqian Shi,Chuanchao Zhang, Minrui Peng, Xiangtian Yu, Tao Zeng, Juan Liu and Luonan Chen. Pattern fusion analysis by adaptive alignment of multiple heterogeneous omics data. Bioinformatics, 2017,33(17): 2706-2714. (SCI, IF=7.307)
5） Qianqian Shi,Chuanchao Zhang, Weifeng Guo, Tao Zeng, Lina Lu, Zhonglin Jiang, Ziming Wang, Juan Liu and Luonan Chen.Local network component analysis for quantifying transcription factor activities. Methods, 2017,124: 25-35. (SCI, IF=3.802)
6） Chuanchao Zhang, Juan Liu, Qianqian Shi, Tao Zeng and Luonan Chen.Comparative network stratification analysis for identifying functional interpretable network biomarkers. BMC bioinformatics, 2017, 18(3): 48. (SCI, IF=2.448)
7） Chuanchao Zhang, Juan Liu, Qianqian Shi, Tao Zeng and Luonan Chen. Differential function analysis: identifying structure and activation variations in dysregulated pathways. Science China Information Sciences (SCIS), 2017, 60(1): 012108. (CCF B区, SCI, IF=2.731)
8） Chuanchao Zhang,Juan Liu, Qianqian Shi, Tao Zeng and Luonan Chen. Integration of multiple heterogeneous omics data. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2016: 564-569. (CCF B区, EI, Best paper awards)
9） Chuanchao Zhang*, Jiguang Wang*, Chao Zhang, Juan Liu, Dong Xu and Luonan Chen. Network stratification analysis for identifying function-specific network layers. Molecular BioSystems, 2016, 12(4): 1232-1240. (SCI, IF=3.2)
10） Chuanchao Zhang, Juan Liu, Qianqian Shi, Tao Zeng and Luonan Chen, Identification of phenotypic networks based on whole transcriptome by comparative network decomposition, IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2015, 189-194.(CCF B区, EI)
11） Tao Zeng,Chuanchao Zhang, Wanwei Zhang, Rui Liu, Juan Liu, Luonan Chen. Deciphering early development of complex diseases by progressive module network. Methods, 2014,67(3):334-343. (SCI, IF=3.6)
学术奖励:
2016, 12 深圳BIBM会议 (IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine，CCF B区)获“最佳论文奖”
