国科大杭高院化材学院在DNA烷化剂类抗生素产生菌的自抗性研究中取得新进展

2022年02月23日 10:43        点击:[]

 近日,国际学术期刊Nucleic Acids Research在线发表了国科大杭高院化学与材料科学学院/中科院上海有机化学研究所唐功利课题组与美国范德堡大学Brandt F. Eichman课题组合作完成的最新研究成果“Base excision repair system targeting DNA adducts of trioxacarcin/LL-D49194 antibiotics for self-resistance”。该工作发现了一个独特的DNA糖基化酶家族,该类酶可以消除烷化剂类天然产物三欣卡辛及LL-D49194引起的DNA损伤,赋予微生物针对这类高活性抗生素的自抗性(“https://doi.org/10.1093/nar/gkac085”)。

碱基切除修复(BER)是细胞中通用的一类用于消除烷基化DNA的损伤修复途径。DNA糖基化酶是BER途径中的关键蛋白,负责识别和切除损伤碱基,是启动BER途径的第一步。近年来,关于DNA烷基化类天然产物的自抗性机制研究表明,在抗生素产生菌中存在着两个家族的DNA糖基化酶(AlkD/YtkR2和AlkZ/YcaQ)能够识别并修复DNA烷基化类化合物azinomycin B和yatakemycin形成的DNA损伤。

三欣卡辛 (Trioxacarcins, TXN)和LL-D49194 (LLD)是一类具有高度复杂结构的多环芳香聚酮天然产物,其结构中含有多个可嵌入DNA骨架中的糖基基团和一个高活性的多环螺环氧三元环结构,能够嵌入DNA的大沟小沟并与DNA链上的鸟嘌呤发生烷基化,形成稳定的DNA损伤,从而实现抗疟疾、抗细菌、抗肿瘤活性。唐功利课题组长期致力于TXNs的生物合成及抗性机制的研究,先后阐明了它们的起始单元和后修饰步骤。近期,他们对基因簇中未知功能基因进行深入分析,发现其基因簇中编码了四个DNA糖基化酶(TxnU2、TxnU4、LldU1和LldU5)负责TXN A和LLD的烷基化损伤修复,为TXN A和LLD的产生菌提供自抗性。

氨基酸序列和蛋白结构(AlphaFold))分析表明TxnU和LldU与DNA糖基化酶AlkZ/YcaQ具有一定同源性,且体外酶活实验证实TxnU和LldU均是作用于N7位烷基化鸟嘌呤加合物的单功能DNA糖基化酶。然而,相比于同源蛋白以及其它作用于烷基化嘌呤加合物的DNA糖基化酶,TxnU/LldU具有不同的底物特异性和酶催化机制。TxnU/LldU能够特异性消除TXN A/LLD-DNA损伤,且对AlkD/YtkR2和AlkZ/YcaQ的底物——不太稳定的烷基鸟嘌呤没有活性。同样的,TXN A/LLD-DNA加合物不能被其它烷基嘌呤DNA糖基化酶切割。对接建模和点突变实验证实TxnU4和LldU1含有独特的催化活性基序,从而解释了其独特的底物特异性和催化机制。

 

国科大杭州高等研究院士后陈小蓉,美国范德堡大学博士后Noah P. Bradley和中科院上海有机所研究生陆薇为共同第一作者。唐功利研究员和Brandt F. Eichman教授为论文共同通讯作者。该工作得到了国家自然科学基金委和中国科学院等的大力资助。


 

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