近日，国科大杭州高等研究院（以下简称杭高院）生命与健康科学学院（以下简称生命学院）唐标在国际期刊《Zoological Research，中科院一区》在线发表了题为“Global genomic insights into antimicrobial resistance of Escherichia marmotae”的研究论文(Doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2025.225)。该研究首次系统描绘了新兴人畜共患病原菌——旱獭埃希菌（E. marmotae）的全球耐药性全景图谱，并对其作为耐药基因“储存库”的风险发出了预警。
旱獭埃希菌是一种近十年才被确认的新物种，最初发现于喜马拉雅旱獭的粪便中。然而，它正迅速突破地域和宿主限制，不仅在野猪、鹿、牛等多种动物身上检出，更已证实能感染人类，导致脓毒症、术后感染、泌尿道感染等严重疾病。更令人担忧的是，它能携带多种耐药基因，包括超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）基因，并可在人体肠道内“无声定居”，对全球公共卫生构成了潜在的新兴威胁。面对这一挑战，在“同一健康（One Health）”框架下开展跨领域监测迫在眉睫。
为全面评估其威胁，研究团队基于基因组学，对全球21个国家的273株旱獭埃希菌基因组进行了深度分析。研究发现，菌株主要来源于环境（61.5%）和动物（30.8%），尽管人类临床样本仅占7.0%，但其携带的耐药基因密度最高，表明该菌在感染人类后可能面临更强的抗生素选择压力。通过多位点序列分型（MLST），研究发现优势序列型ST133展现出强大的跨宿主传播能力，它广泛分布于7个国家，并同时存在于环境、动物和人类样本中。更值得警惕的是，该研究在旱獭埃希菌中发现了碳青霉烯类耐药基因blaKPC-2和blaKPC-3。分析表明，这些危险的耐药基因位于可接合转移的IncN型质粒上，且与来自其他肠杆菌科细菌（如大肠埃希菌、克雷伯菌）的质粒高度同源，表明其具备跨种传播潜力。此外，研究还发现75.8%的菌株携带质粒，以IncFIB和IncFII型为主，这些质粒可作为耐药基因的水平转移载体，进一步加剧耐药性的扩散风险。综上所述，该工作系统揭示了旱獭埃希菌在动物—环境—人类间的潜在传播风险，为细菌耐药性的全球监测和“同一健康”战略的实施提供了重要参考。
图1. 旱獭埃希菌基因组系统发育
该工作得到了浙江省“领雁”研发攻关计划、浙江省自然科学基金、杭高院自主部署课题青苗计划项目的支持。2024级硕士生张可昕、2025级博士生胡孝和、博士后常江为本研究的共同第一作者，唐标特聘副研究员为通讯作者，国科大杭州高等研究院为第一单位，工作室赵国屏研究员、乐敏研究员对本工作给予了大力支持。
同年，唐标博士围绕细菌耐药性研究，以通讯作者（含共同）在Current Opinion in Food Science（Doi: 10.1016/j.cofs.2025.101300，中科院一区）、mBio（Doi: 10.1128/mbio.00651-25，中科院一区）上发表了研究成果。
