2024年10月，世界卫生组织（WHO）正式将非伤寒沙门菌（Non-typhoidal Salmonella）列为“国际关注的突发公共卫生事件（PHEIC）”全球高风险病原体。然而，这一预警并非空穴来风——侵袭性非伤寒沙门菌（iNTS）正以高达18.1%的致死率和惊人的进化速度，悄然成为全球公共卫生的重大威胁。近日，国科大杭州高等研究院生命与健康科学学院乐敏研究员团队在期刊Clinical and Translational Medicine发表题为“Illuminating the genomic frontier of invasive non-typhoidal Salmonella infections”的受邀文章。该文章对团队此前在Nature medicine上发表的研究成果“Genomic census of invasive nontyphoidal Salmonella infections reveals global and local human-to-human transmission”进行了细致的解读分析。
研究团队从以下四个方面进行解读分析：优势血清型的演替与“超级细菌”的崛起、颠覆传统：“人-人”传播路径的基因组证据、全球进化的中国拼图：Global-c分支的发现、精准防控的科学指引。
研究团队通过对跨越三十年的基因组数据进行深度挖掘，发现中国地区iNTS的流行病学特征发生了根本性逆转：传统的猪源性猪霍乱沙门菌（S. Choleraesuis）已退居二线，取而代之的是肠炎沙门菌（S. Enteritidis）。更令人担忧的是，这种演替伴随着抗药性的爆发式增长。新优势菌株表现出极高的多重耐药性（MDR率达66%），超过86%的菌株携带喹诺酮耐药基因，且针对三代头孢菌素的blaCTX-M基因检出率逐年攀升。基因组分析证实，质粒、转座子等可移动遗传元件（MGEs）是驱动这场“耐药风暴”的核心引擎。
长期以来，iNTS被视为典型的食源性或人畜共患病。然而，乐敏教授团队的研究颠覆了这一传统认知。利用高精度的SNP分析（≤4 SNPs阈值）和时空关联模型，研究发现57.52%的侵袭性感染事件可归因于直接的人际传播。这意味着，iNTS正在快速适应人类宿主，腹泻患者可能作为关键的“中转站”，通过接触或食物污染在人群中隐匿传播。这一发现为切断传播链条提供了全新的防控视角：防控重点必须从单纯的畜禽养殖端，扩展至人类社区和医院感染控制。
研究进一步解析了肠炎沙门菌的全球进化脉络，定义了Global-a、Global-b及Global-c三个主要演化分支。其中，主要流行于中国的Global-c分支表现出独特的代谢功能突变和极高的多重耐药率（97.56%），显著区别于欧美及非洲菌株。这一发现提示我们，iNTS的进化具有显著的地域特异性，亟需建立基于本土基因组特征的精准监测体系。
基于“全健康（One Health）”理念，该研究不仅揭示了婴幼儿（<1岁）和男性作为高危人群的流行病学特征，更呼吁建立包括血液感染常规监测、严格的抗生素管理以及针对性疫苗研发在内的综合干预策略。
该工作得到了中国国家自然科学基金（32573359）和国家重点研发计划项目（2022YFC2604201）等项目资助，国科大高等研究院博士后王浩和汤俐为共同第一作者，乐敏研究员为通讯作者。面对iNTS向“人际传播”适应和耐药性增强的双重挑战，乐敏教授团队基于大规模基因组流行病学分析，结合贝叶斯时空模型，首次在基因组层面揭示了iNTS从“人畜共患”向“人际传播”模式的惊人转变，并绘制了中国本土优势克隆群的进化图谱。它不仅为理解病原体的进化机制提供了坚实的理论依据，更为全球卫生政策的制定提供了迫切的科学实证。在微生物与人类的博弈中，唯有利用前沿的基因组学技术洞察先机，我们方能率先构筑起坚实的生物安全防线。
