1991年获日本东北大学系统科学博士学位。1997年起任日本大阪产业大学副教授；2000年起任美国加州大学洛杉矶分校(UCLA)访问教授；2002年起任日本大阪产业大学教授；2009年4月起任日本东京大学教授（兼）；2009年10月至今任中科院系统生物学重点实验室执行主任，研究员。

现任中国运筹学会《计算系统生物学分会》理事长，IEEE-SMC《系统生物学委员会》主席，国家基金委重大研究计划专家组专家，国家重点研发计划首席科学家。

主要从事计算系统生物学、大数据分析和人工智能的研究工作。近年来，在计算系统生物学和生物信息学等研究领域发表了300余篇期刊论文及10余部编著书籍。